Na wieść o tym, że z polecenia papieża Luciusza III przyjeżdża z Włoch legat papieski Idzi bp Modeny, wioząc relikwie św. Floriana, książę krakowski Kazimierz II zwany Sprawiedliwym oraz biskup miasta, Gedko z licznym duchowieństwem i rzesza wiernych wyszli na drogę wiodącą od Stolicy świętej na powitanie dostojnika kościelnego i tej świętości, która Kraków miał się cieszyć po wiekuiste czasy.
Legata zaprowadzono do katedry krakowskiej na Wawelu, gdzie w środku kościoła nad grabem św. Stanisława (który jeszcze nie był kanonizowany, dlatego spoczywał pod posadzka) złożył drogocenne szczotki rzymskiego męczennika.
Ku większemu uczczeniu św. Fioriana, patrona Krakowa i całej Polski, książę Kazimierz Sprawiedliwy postanowił postawić na łukach prądnickich kościół pod wezwaniem św. Floriana, a przy nim ufundować kolegiatę czyli zgromadzenie księży, którzy swa modlitwa mieli uświetniać przybytek Boży poświęcony św. Florianowi.
Kościół budowano około 20 lat. Postawiony z kamienia świecił z daleka białością swych ścian. Konsekrował ten kościół błogosławiony Wincenty Kadłubek, biskup krakowski, w 1212 r.
W tej kolegiacie kolegium kapłańskie składało sio z około 20 osób. Czterech z nich nazywało się prałatami. Był to przede wszystkim prepozyt, który był przełożonym całej kolegiaty. Dbał o to, aby kolegiata należycie funkcjonowała tak pod względem chwały Bożej jak i pod względem materialnym. Jego pomocnikiem był prałat dziekan; do niego należała opieka nad wikarymi, których było ośmiu. Drugim pomocnikiem propozyta był kantor (czyli śpiewak), który się troszczył o należyty śpiew w kościele, szczególnie o psalmodię pacierzy kapłańskich w prezbiterium. Czwartym prałatem był kustosz czyli stróż. Jego obowiązkiem było czuwać nad skarbcem kościelnym, w którym znajdowały się cenne przedmioty liturgiczne, jak kielichy, relikwiarze, ornaty. Kustosz dbał o należyte zaopatrzenie zakrystii. Oprócz prałatów było przy kościele czterech kanoników. Każdy prałat i kanonik miał swego wikarego. Liczba duchowieństwa z biegiem czasu się powiększała.
Wszyscy członkowie kapituły kolegiackiej mieli swe uposażenie. Najbogatszy był prepozyt, który posiadał dwie wsie: Bieńczyce pod Krakowem i Skawce koło Suchej. Kantor pobierał dochody z kościoła św. Andrzeja w Olkuszu.
Część relikwii św. Floriana, które były złożone w środku katedry na Wawelu, przeniesiono do kolegiaty św. Floriana, której sława rozchodziła się daleko; kolegiatę poczęli odwiedzać liczni pielgrzymi, którzy się udawali pod opiekę św. Floriana i upraszali u niego liczne łaski. Koło kolegiaty stojącej na błoniu budowano domy, w których pielgrzymi nocowali i gdzie zamawiali posiłki. Utworzyła się wieś św. F1oriana. Księża z kolegiaty po odprawieniu pacierzy i odśpiewaniu godzin kanonicznych wychodzili do pielgrzymów i spełniali posługę duszpasterska. tak nad pielgrzymami, jak i nad mieszkańcami osiedla św. Floriana. Prepozyt kolegiaty wykonywał nad tymi ludźmi duszpasterstwo, czuwając nad spełnianiem sakramentów świętych.
Każdy wędrowiec, który odwiedzał Kraków, nie omieszkał wstąpić do białego kościoła św. Floriana. Nawet książęta, biskupi, odprawiający wjazd do Krakowa, wstępowali tutaj, aby po przywitaniu przez kapitułę świętofloriańską polecić się opiece św. Floriana. Tędy jechała ze Sandomierza bł. Kinga, aby wraz mężem Bolesławem Wstydliwym objąć księstwo krakowskie.
W końcu wieku XIII Kraków został otoczony murami i basztami i okopany głębokim rowem, a postawione bramy zamykano na noc. Osada, która powstała koło kościoła św. Floriana, została odcięta od miasta i znalazła się w trudnym położeniu. Żeby ulżyć doli świętofloriańskiej osady król Kazimierz Wielki założył w tym miejscu osobne miasto w r. 1366, które nazwał od kościoła św. Floriana – Florencja. Nazwa ta utrzymała się tylko przez jeden wiek, później mieszkańcy zaczęli nazywać swoje miasto Kleparzem. Miasto Kleparz miało swoje władze miejskie: burmistrza i własny sąd. Kolegiata św. Floriana stała się kościołem parafialnym dla Kleparza. Prócz kolegiaty stały tu jeszcze trzy kościoły: św. Filipa i Jakuba przy rynku kleparskim, gdzie dziś stoi nowy kościół św. Wincentego a Paulo Księży Misjonarzy (zburzony w r. 1801), św. Walentego na Pędzichowie ze szpitalem dla trędowatych (1817 zburzony), trzeci św. Szymona i Judy ze szpitalem. Na jego miejscu stanął klasztor dla SS. Szarytek przy ul. Warszawskiej, zbudowany przez bpa Ludwika Łetowskiego (1871). Za granicami miasta, bo murów nie było, bł. królowa Jadwiga postawiła w r. 1390 klasztorek z kościołem św. Krzyża dla benedyktynów słowiańskich, którzy odprawiali nabożeństwa nie po łacinie, ale w błogosławionej mowie słowiańskiej (zburzony w r. 1808). Miasto Kleparz istniało 450 lat. Gdy Austriacy zajęli Kraków po trzecim rozbiorze Polski miasto Kleparz przyłączyli do niego, tak że w r. 1800 stanowiło przedmieście Krakowa.
Prepozyci czyli przełożeni kolegiaty św. Floriana dbali o kształcenie dzieci z osady w szkole, która nazywała się parafialną, a gdy Kleparz został miastem troska o szkołę dla dzieci miejskich zwiększyła się z ich strony jako przełożonych parafii. Budynek szkoły stał na rogu cmentarza kościelnego od strony dzisiejszego placu Matejki. Ten budynek początkowo był drewniany, lecz jeden z prepozytów Grzegorz z Lubrańca, podkanclerzy Państwa, dostawił w r. 1993 do drewnianego budynku drugi murowany. Sławny lekarz królewski Maciej Miechowita w r. 1518 zburzył drewniany budynek i postawił cała szkołę z muru. Do tej szkoły uczęszczała młodzież z Kleparza. Dla zamiejscowych urządzono w szkole 10 mieszkań, coś w rodzaju bursy.
W szkole parafialnej uczniowie uczyli się czytać, pisać, rachować, przemawiać w czasie uroczystości, uczyli się kalendarza, a nawet poznawali nazwy gwiazd na niebie. Po południu czytali różne książki po łacinie. W sobotę odbywała się nauka religii. Uczniowie nie byli przeciążeni obowiązkami na rzecz parafii, która utrzymywała szkołę. W niedzielę szli na sumę i na nieszpory, ale to czynili wszyscy mieszkańcy Kleparza. Tylko w wielkie święta śpiewali jutrznię. W dzień powszedni nie chodzili na mszę św., z wyjątkiem Adwentu i Wielkiego Postu. Ponieważ uczniowie uczyli się w szkole śpiewu, dlatego wykonywali pieśni na sumie, śpiewali nieszpory oraz brali udział w procesjach, np. w Boże Ciało, przy czym śpiewali oczywiście po łacinie, bo w tych czasach liturgia była łacińska. W r. 1878 miasto wybudowało nową szkołę św. Floriana, po kilku latach zburzono budynek starej szkoły, bo przeszkadzał przy wjeździe na rozszerzona ulicę Warszawska.
Wspomniano wyżej, że królowie i biskupi, gdy wjeżdżali do krakowskiej stolicy, zatrzymywali się przed kościołem św. Floriana. Wszystko duchowieństwo wychodziło z kościoła, by powitać dostojne osoby udające się do Krakowa. Dlatego drogę, która prowadziła od kolegiaty św. Floriana przez ulicę Floriańska, Rynek, Grodzka aż do Wawelu nazwano “droga królewska” (via regia). W r. 1383, gdy do Krakowa miała przyjechać królowa Jadwiga, księże mazowiecki Ziemowit IV, który wiedział, że przed kościołem św. Floriana dostojni goście się zatrzymają, zebrał wojsko i koło kościoła urządził zasadzkę na królową, żeby 9-letnia dziewczynkę porwać, uczynić ją na razie swą narzeczona, a potem po odpowiednich latach wziąć ślub i zostać królem polskim. Ale to mu się nie udało, bo tak młodego dziecka matka nie chciała w tym roku puścić z Węgier do Polski. Dopiero rok później, w sierpniu 1384, Jadwiga przyjechała, a właśnie w tym raku obchodzimy 600-letnia rocznicę jej przyjazdu do nas; przyjmowana była przez ludność Krakowa koło kościoła św. Floriana z wielka radością, następnie udała się droga królewską na Wawel, aby przygotować się do koronacji królewskiej, która odbyła się w dzień jej patronki. 15 października 1389 roku. Błogosławiona Jadwiga zmarła bardzo młodo, w chwili śmierci miała 26 lat. Jej ostatnia wola było, aby w Krakowie został odnowiony uniwersytet czterowydziałowy, to jest wraz ze studium teologii. Na ten cel zapisała przed śmiercią wszystkie swe kosztowności. To życzenie błogosławionej Jadwigi wypełnił po jej śmierci w r. 1900 maż Władysław Jagiełło, reaktywując uniwersytet zwany obecnie Jagiellońskim. Ustanowiono katedry, mianowano profesorów. Osiem katedr otrzymała teologia. Chodziło teraz o zabezpieczenie bytu tym profesorom. Jagiełło, który był patronem kolegiaty, fundowanej przez władców polskich, oddał prałatury i kanonie w kościele św. Floriana do obsady przez uniwersytet, ale sobie i następcom swoim zostawił do dyspozycji obsadę prepozytury, czyli najwyższej godności w kolegiacie św. Floriana. Dopiero Stefan Batory w r. 1578 odstąpił nadawanie prepozytury akademii i odtąd uniwersytet posiadał cała kolegiatę św. Floriana.
Tak jak uniwersytet był alma mater, matką żywicielką karmiącą studentów chlebem nauki, tak kolegiata św. Floriana była żywicielką samych profesorów, zapewniając im wystarczające utrzymanie i dostatni chleb. Szczytem marzeń magistrów uczących na uniwersytecie było dostanie się do kolegiaty św. Floriana, otrzymanie w niej prałatury lub kanonii.
Profesorowie teologii, związani z kolegiatą św. Floriana, byli mężami wielkiej wiary, miłośnikami nauk Bożych. Na ogół posiadali dar niepospolitej wymowy, byli wzorami pobożności i pokory. Odznaczali się wielkim miłosierdziem wobec biedoty krakowskiej, czego piękny przykład dał św. Jan Kanty, który przez pewien czas zaliczał się do członków kolegiaty św. Floriana. Przy kolegiacie mieszkał tylko prepozyt – proboszcz i wikarzy, inni prałaci i profesorowie mieli swoje cele i wikt w kolegium przy ulicy św. Anny, tam gdzie wykładali teologię. Jadali wspólnie w wielkiej izbie. Gdy w czasie obiadu zapukał do nich żebrak, wówczas przełożony wołał: “Pauper venit” – to znaczy “Biedny przyszedł”, a wszyscy profesorowie siedzący przy stołach odpowiadali: “Chxistus venit”, to znaczy “Chrystus przyszedł” i raczyli biedaka swoją strawą.
Profesorowie, będący członkami kapituły św. Floriana, przychodzili do kolegiaty na różne nabożeństwa, na procesje, na zebrania kapitulne, tu fundowali ołtarze, przed którymi odprawiali msze św., a po śmierci przed tymi ołtarzami polecali się grzebać w ziemi uświęconej bliskością relikwii św. Floriana, a na ścianach i filarach polecali umieszczać swe pośmiertne epitafia. Prócz prepozyta, profesorowie z kapituły św. Floriana nie byli zbytnio zasobni, ale zapatrzeni w naukę, nie dbali o majątki, jedynie kantor kolegiaty mógł liczyć na dochody z parafii św. Andrzeja w Olkuszu, która na stałe należała do kantorii. Uniwersytet bardzo ceniąc nowego profesora teologii, św. Jana Kantego, nadał mu tę najbogatsza prałaturę. Zdumienie wszystkich ogarnęło, gdy święty po paru tygodniach zrzekł się swej prałatury, widząc, że równocześnie musi prowadzić parafię w Olkuszu. Święty nie chciał parafii, która siedząc w Krakowie nie mógł się osobiście zajmować, tylko przez wikarego; nie chciał za nią odpowiadać; po rezygnacji zadowolił się skromniutką pensja, którą mu wydzielał uniwersytet. Zarabiał przepisywaniem ksiąg teologicznych dla pożytku swoich słuchaczy. Gdy od założenia i uposażenia Akademii krakowskiej upłynęło 10 lat, Jagiełło wybrał się na wojnę z Krzyżakami. W czasie bitwy królowi Jagielle zagroziło śmiertelne niebezpieczeństwo. Jeden z Krzyżaków, Dypold von Kikeritz przedarł się przez szeregi rycerskie na koniu i godził w króla. Zauważył to jeden z młodych polskich rycerzy, Zbigniew Oleśnicki, uderzył Krzyżaka i zgładził go. Młodzieniec ten poświęcił się później stanowi duchownemu. Polskie wojska, które przed bitwą polecały się opiece Matce Bożej, śpiewając pieśń “Bogurodzica” i polskim patronom, odniosły wielkie zwycięstwo pod Grunwaldem, którego pomnik stoi w pobliżu kościoła św. Floriana. Król, po powrocie do Krakowa, dziękował za zwycięstwo św. Stanisławowi na Wawelu, składając u jego ołtarza sztandary krzyżackie, a do św. Floriana przesłał wotum dziękczynne w postaci relikwiarza krzyżackiego należącego do komtura Henryka Bade (1365), które do dziś jest zachowane w skarbcu kościoła. Tego zaś rycerza, który mu ocalił życie, a potem poświęcił się służbie Bożej, mianował prepozytem w kolegiacie św. Floriana. Był to Zbigniew Oleśnicki, późniejszy biskup krakowski i kardynał.
Tu w kolegiacie znajduje się tylko cząstka relikwii św. Floriana. Główna ich część jest przechowywana na środku krakowskiej katedry na Wawelu. W srebrzystej trumnie w centrum kościoła św. Stanisława spoczywają razem dwaj wielcy patronowie naszej ojczyzny i miasta Krakowa: św. Stanisław i św. Florian. Ich cześć była tak powiązana, że gdzie czczony był św. Florian, tam również był chwalony św. Stanisław. Stało się to dlatego, że św. Florian był wcześniej umieszczony w środku katedry wawelskiej, ale wiek później, gdy św. Stanisław został w r. 1253 kanonizowany, dołączono do niego i relikwie św. Stanisława. Modląc się przed trumna relikwiarzową św. Stanisława na Wawelu, może zapominamy, że razem z nim spoczywa tam i Św. Florian.
Kolegiata św. Floriana zaopiekowała się Skałką, na której zginął św. Stanisław męczennik i utworzyła tamże ze swej posiadłości parafie i nad tą parafią wykonywała patronat. Gdy w r. 1472 sławny nasz historyk Jan Długosz kanonik krakowski, sprowadził na Skałkę oo. paulinów, prepozyt kolegiaty św. Floriana, Jakub z Koniecpola zrezygnował z patronatu, oddając opieka nad Skałką przybyłym zakonnikom.
W ciągu dalszych wieków kolegiata św. Floriana przeżywała wszystko to, co dotyczyło losów Polski: klęski i zwycięstwa, urządzając modły i procesje na intencję ojczyzny. Ile razy przyjeżdżali do stolicy królowie, czy hetmani wracający z wojny, cały uniwersytet z rektorem na czele witał ich przed kościołem św. Floriana u początku drogi królewskiej. Ile razy królowie, czy biskupi zmarli poza Krakowem, kolegiata przyjmowała ich ciało do swego kościoła i odprawiała egzekwie i stąd wyruszał kondukt pogrzebowy na Wawel. W r. 1683 kolegiatą wraz z całym uniwersytetem miała szczęście witać bohaterskiego króla Jana III Sobieskiego, który po rozgromieniu Turków wracał do Krakowa 23 grudnia tegoż roku. Król zostawił w kościele zdobyczna chorągiew turecką i odbył wjazd triumfalny drogą królewską.
Gdy Sobieski umarł w Warszawie kolegiata przy sprowadzeniu jego zwłok do Krakowa w r. 1739 zatrzymywała je, tak samo, jak jego żony Marysieńki, oraz króla Augusta II Sasa, przez cztery miesiące. Trumny były ustawione w dwóch kaplicach. Księża krakowscy, świeccy i zakonni, codziennie na zmianę odprawiali za dusze zmarłych królów msze św. W nabożeństwach tych brało też udział bractwo Ubóstwa Chrystusowego, istniejące przy kościele św. Floriana od r. 1601. Odprawiając te nabożeństwa czekano, kiedy król August III przyjedzie na koronację, bo w Polsce był taki zwyczaj, że nowo wybrany król grzebał najpierw poprzednika, a potem się koronował.
W czasie wielokrotnych pożarów Krakowa kościół św. Floriana zazwyczaj bywał uratowany od spalenia, za co rokrocznie w Poniedziałek Przewodni, czyli w drugi poniedziałek po Wielkanocy, zapala się ku czci św. Floriana wotum dziękczynne: siedmiołokciową świecę. Św. Florian był powszechnie wzywany jako patron i strażnik przed ogniem niszczącym domy i dobytek ludzki. Bardzo jednak kościołowi dał się we znaki pożar w r. 1755, wszczęty u ss. wizytek, który się rozszerzył na Kleparz. Spalony wówczas kościół został wspaniale odnowiony i przygotowany na zbliżające się uroczystości kanonizacyjne św. Jana Kantego. Staraniami o kanonizację świętego profesora Akademii krakowskiej zajmowała się nie tylko kolegiata św. Anny, gdzie się znajdują relikwie Jana z Kęt, ale też kolegiata św. Floriana. Nic dziwnego, przecież profesorowie wydziału teologicznego byli u św. Floriana kanonikami. Sprawę kanonizacji doprowadził do końca jej prokurator, prepozyt kolegiaty św. Floriana, ks. profesor Antoni Krzonowski. Obrzęd kanonizacji odbył się w Rzymie 16 VII 1767 roku, a w Krakowie tegoż samego dnia, ale 1775 roku, a więc z wielkim opóźnieniem z powodu wydarzeń Konfederacji Barskiej (1768). Chorągiew kanonizacyjną złożył ks. Krzonowski w tutejszym kościele, w kaplicy św. Jana Kantego. Główne uroczystości odbyły się jednak w kościele św. Anny, gdzie jest grób świętego.
Tragicznym dla kolegiaty był rok 1780. Wysłany z Warszawy przez Komisję Edukacji Narodowej do reformy Akademii krakowskiej Hugo Kołłątaj samowolnie zniósł kolegiatę, czyniąc to bez zgody Stolicy Apostolskiej i zwrócenia się do miejscowego biskupa Kajetana Sołtyka. Członkowie kolegiaty musieli udać się na parafie. Majątek kolegiaty obrócono na uposażenia uniwersytetu, który wtedy, nazwano Szkołą Główną. W świetle przepisów prawa kościelnego zniesienie kolegiaty św. Floriana było nieważne, lecz po likwidacji majątku kolegiackiego już ona nie mogła wrócić do dawnego stanu, choć kościół ma prawo nazywać się kolegiata. Przy kolegiacie pozostał tylko prepozyt, który prowadził parafię.
Po upadku niepodległości Polski prepozyt kościoła św. Floriana, ks. Sebastian Sierakowski przeżył wielką uroczystość patriotyczną. Mianowicie Senat Walnego Miasta Krakowa (utworzonego po Kongresie Wiedeńskim w r. 1815) postanowił sprowadzić zwłoki bohatera narodowego Tadeusza Kościuszki, który zamknął dzieje Polski przedrozbiorowej, do Krakowa i umieścić je w krypcie św. Leonarda na Wawelu. Ciało Kościuszki, który umarł w mieście Solurze w Szwajcarii, przywieziono do kolegiaty św. Floriana dnia 11 IV 1818 r. Złożono je w kaplicy kościoła, gdzie miały oczekiwać na uroczysty pogrzeb. Dopiero 22 czerwca ks. infułat mariacki Wincenty Łańcucki odprowadził prochy Kościuszki na Wawel o godzinie 7-mej wieczorem. Towarzyszyła mu ludność Krakowa z chorągwiami i świecami. Nazajutrz na Wawelu mszę św. odprawił biskup krakowski Jan Paweł Woronicz, po czym trumnę przeniesiono do krypty.
Zniesiona przez Hugo Kołłątaja, ale prawnie nie zniweczona kolegiata św. Floriana należy do najświetniejszych kościołów w Polsce. Choć nie była kościołem katedralnym, wydała jednak 14 biskupów. Jako piętnastego można policzyć bpa Józefa Grzegorza Wojtarowicza, ordynariusza tarnowskiego, który usunięty przez władze austriackie z biskupstwa tarnowskiego, choć nie wyszedł z kolegiaty ale do niej przystał. Ostatnie osiem lat swego życia (um. 1875 r.) spędził przy kolegiacie otoczony przez ludność Kleparza szacunkiem i czcią. Jego infuła biskupia do niedawna była wywieszona w gablotce na ścianie zakrystii, lecz ks. kard. Karol Wojtyła jako ordynariusz krakowski pozwolił odesłać ją do diecezji tarnowskiej.
Z murów tej kolegiaty wyszedł pierwszy prymas Polski Mikołaj Traba, pierwszy kardynał polski Zbigniew Oleśnicki, o ściany tej świątyni odbijały się słowa pięknych i mądrych kazań tutejszego wikarego (1949-1951) Karola Wojtyły, potem pierwszego papieża Polaka Jana Pawła II.
Kolegiata poza tym wydała pięciu prymasów Królestwa Polskiego, ośmiu kanclerzy Państwa, cały szereg uczonych, profesorów, teologów znanych w całej ojczyźnie, pisarzy i kaznodziejów, rektorów uniwersytetu. Dlatego ma się czym poszczycić w tej radości jubileuszowej swego 800-lecia, a radość tę w krótkim czasie obwieszczą dzwony papieskie, darowane przez Pawła VI, gdy był arcybiskupem Mediolanu. Radość tę podziela miasto Kraków i cała diecezja krakowska.
Ks. Bolesław Przybyszewski